Part 01 Fix Raw Data

Script para cálculo do LPI baseado nas instruções disponíveis neste link.

Função prepara dados do icmbio e chama funções do pacote rlpi

Em fase de TESTE

Adaptação: Elildo Carvalho Jr, ICMBio/CENAP.

Colaboração: Fernando Lima

Carregar pacotes

library(here)

## here() starts at D:/git/monitoraFlorestalGlobal

library(readr)
#library(tidyverse)
library(lubridate)

## 
## Attaching package: 'lubridate'

## The following objects are masked from 'package:base':
## 
##     date, intersect, setdiff, union

#library(hms)
library(dplyr)

## 
## Attaching package: 'dplyr'

## The following objects are masked from 'package:stats':
## 
##     filter, lag

## The following objects are masked from 'package:base':
## 
##     intersect, setdiff, setequal, union

library(stringr)

Planilha consolidada MastoAves

Ler dados, versao não disponibilizada, mas mais atualizada

dados <- read_csv(here("data", "Planilha.consolidada.mastoaves.ate.2019.csv"))

## New names:
## * `` -> `...30`
## * `` -> `...31`
## * `` -> `...32`
## * `` -> `...33`

## Warning: One or more parsing issues, see `problems()` for details

## Rows: 21169 Columns: 33
## -- Column specification --------------------------------------------------------
## Delimiter: ","
## chr  (23): Local - Nome da Unidade de Conservação, Nome da EA, data da amost...
## dbl   (3): CDUC, Número da Estação Amostral, Esforço de amostragem tamanho d...
## lgl   (4): ...30, ...31, ...32, ...33
## time  (2): horário de início  (h:mm), horário de término (h:mm)
## 
## i Use `spec()` to retrieve the full column specification for this data.
## i Specify the column types or set `show_col_types = FALSE` to quiet this message.

dados

names(dados)

##  [1] "CDUC"                                                       
##  [2] "Local - Nome da Unidade de Conservação"                     
##  [3] "Número da Estação Amostral"                                 
##  [4] "Nome da EA"                                                 
##  [5] "Esforço de amostragem tamanho da trilha (m)"                
##  [6] "data da amostragem"                                         
##  [7] "Ano"                                                        
##  [8] "Estação do ano"                                             
##  [9] "horário de início  (h:mm)"                                  
## [10] "horário de término (h:mm)"                                  
## [11] "condição climática: aberto, nublado e chuvoso"              
## [12] "nome dos observadores"                                      
## [13] "Número do animal no guia"                                   
## [14] "Classe"                                                     
## [15] "Ordem"                                                      
## [16] "Família"                                                    
## [17] "Gênero"                                                     
## [18] "Espécies"                                                   
## [19] "Clasificação taxonômica (espécie, gênero, família ou ordem)"
## [20] "Espécies validadas para análise do ICMBio"                  
## [21] "Número do animal no guia validado"                          
## [22] "Clasificação taxonômica validada"                           
## [23] "horário do avistamento"                                     
## [24] "n° de animais"                                              
## [25] "contagem total ou parcial?"                                 
## [26] "distância (m)     do animal em relação a trilha"            
## [27] "marcação no transecto"                                      
## [28] "teve problema durante a amostragem?"                        
## [29] "Observações"                                                
## [30] "...30"                                                      
## [31] "...31"                                                      
## [32] "...32"                                                      
## [33] "...33"

Ajustar dados: versao nao disponibilizada, mas mais atualizada

dados <- dados %>%
  rename(cnuc = "CDUC",
         nome_UC = "Local - Nome da Unidade de Conservação",
         estacao_amostral = "Número da Estação Amostral",
         nome_ea = "Nome da EA",
         esforco = "Esforço de amostragem tamanho da trilha (m)",
         data = "data da amostragem",
         hora_inicio = "horário de início  (h:mm)",
         hora_fim = "horário de término (h:mm)",
         #ano = "Ano",
         classe = "Classe",
         ordem = "Ordem",
         familia = "Família",
         genero = "Gênero",
         binomial = "Espécies validadas para análise do ICMBio",
         n_animais = "n° de animais",
         distancia = "distância (m)     do animal em relação a trilha") %>%
  mutate(data = as.Date(data, "%d/%m/%Y"),
         ano = year(data),
         distancia =  as.numeric(str_replace(distancia, ",", ".")),
         populacao = paste(binomial, cnuc, sep ="_"),
         populacao = str_replace(populacao, " ", "_") ) %>%
  select(cnuc, nome_UC, estacao_amostral, nome_ea, esforco, ano, data,
         hora_inicio, hora_fim, classe, ordem, familia, genero, binomial,
         n_animais, distancia, populacao)

## Warning in mask$eval_all_mutate(quo): NAs introduzidos por coerção

dados

Exportar arquivo

saveRDS(dados, here("data", "dadosICMBio_2014a2019.rds"))

Dados Florestal

Ler dados (versão oficial disponibilizada)

dados <- read_csv(here("data", "Dados_Florestal_14a18_disponibilizacao.csv"))

## New names:
## * `` -> `...31`
## * `` -> `...32`
## * `` -> `...33`
## * `` -> `...34`

## Warning: One or more parsing issues, see `problems()` for details

## Rows: 15554 Columns: 34
## -- Column specification --------------------------------------------------------
## Delimiter: ","
## chr  (23): Cadastro Nacional de Unidades de Conservação (CNUC), Bioma, Categ...
## dbl   (6): Número da Estação Amostral, Esforço de amostragem (metros percorr...
## lgl   (2): ...31, ...32
## time  (3): Horário de início  (hh:mm), Horário de término (hh:mm), Horário d...
## 
## i Use `spec()` to retrieve the full column specification for this data.
## i Specify the column types or set `show_col_types = FALSE` to quiet this message.

Ajustes (versão oficial disponibilizada)

dados <- dados %>%
  rename(
    cnuc = "Cadastro Nacional de Unidades de Conservação (CNUC)",
    nome_UC = "Unidade de Conservação (UC)",
    estacao_amostral = "Número da Estação Amostral",
    nome_ea = "Nome da Estação Amostral",
    esforco = "Esforço de amostragem (metros percorridos por dia)",
    data = "data da amostragem (dd/mm/aaaa)",
    hora_inicio = "Horário de início  (hh:mm)",
    hora_fim = "Horário de término (hh:mm)",
    ano = "Ano",
    classe = "Classe",
    ordem = "Ordem",
    familia = "Família",
    genero = "Gênero",
    binomial = "Espécies validadas pelo ICMBio",
    n_animais = "N° de animais",
    distancia = "Distância perpendicular  (m) do animal em relação a trilha"
    ) %>%
  mutate(
    data = as.Date(data, "%d/%m/%Y"),
    distancia =  as.numeric(str_replace(distancia, ",", ".")),
    populacao = paste(binomial, cnuc, sep ="_"),
    populacao = str_replace(populacao, " ", "_")
    ) %>%
  select(
    cnuc,
    nome_UC,
    estacao_amostral,
    nome_ea,
    esforco,
    ano,
    data,
    hora_inicio,
    hora_fim,
    classe,
    ordem,
    familia,
    genero,
    binomial,
    n_animais,
    distancia,
    populacao
    )

## Warning in mask$eval_all_mutate(quo): NAs introduzidos por coerção

#dados

Exportar arquivo

saveRDS(dados, here("data", "dadosICMBio_2014a2018.rds"))