Script para cálculo do LPI baseado nas instruções disponíveis neste link.
Função prepara dados do icmbio e chama funções do pacote rlpi
Em fase de TESTE
Adaptação: Elildo Carvalho Jr, ICMBio/CENAP.
Colaboração: Fernando Lima
library(here)
## here() starts at D:/git/monitoraFlorestalGlobal
library(readr)
#library(tidyverse)
library(lubridate)
##
## Attaching package: 'lubridate'
## The following objects are masked from 'package:base':
##
## date, intersect, setdiff, union
#library(hms)
library(dplyr)
##
## Attaching package: 'dplyr'
## The following objects are masked from 'package:stats':
##
## filter, lag
## The following objects are masked from 'package:base':
##
## intersect, setdiff, setequal, union
library(stringr)
dados <- read_csv(here("data", "Planilha.consolidada.mastoaves.ate.2019.csv"))
## New names:
## * `` -> `...30`
## * `` -> `...31`
## * `` -> `...32`
## * `` -> `...33`
## Warning: One or more parsing issues, see `problems()` for details
## Rows: 21169 Columns: 33
## -- Column specification --------------------------------------------------------
## Delimiter: ","
## chr (23): Local - Nome da Unidade de Conservação, Nome da EA, data da amost...
## dbl (3): CDUC, Número da Estação Amostral, Esforço de amostragem tamanho d...
## lgl (4): ...30, ...31, ...32, ...33
## time (2): horário de início (h:mm), horário de término (h:mm)
##
## i Use `spec()` to retrieve the full column specification for this data.
## i Specify the column types or set `show_col_types = FALSE` to quiet this message.
dados
names(dados)
## [1] "CDUC"
## [2] "Local - Nome da Unidade de Conservação"
## [3] "Número da Estação Amostral"
## [4] "Nome da EA"
## [5] "Esforço de amostragem tamanho da trilha (m)"
## [6] "data da amostragem"
## [7] "Ano"
## [8] "Estação do ano"
## [9] "horário de início (h:mm)"
## [10] "horário de término (h:mm)"
## [11] "condição climática: aberto, nublado e chuvoso"
## [12] "nome dos observadores"
## [13] "Número do animal no guia"
## [14] "Classe"
## [15] "Ordem"
## [16] "Família"
## [17] "Gênero"
## [18] "Espécies"
## [19] "Clasificação taxonômica (espécie, gênero, família ou ordem)"
## [20] "Espécies validadas para análise do ICMBio"
## [21] "Número do animal no guia validado"
## [22] "Clasificação taxonômica validada"
## [23] "horário do avistamento"
## [24] "n° de animais"
## [25] "contagem total ou parcial?"
## [26] "distância (m) do animal em relação a trilha"
## [27] "marcação no transecto"
## [28] "teve problema durante a amostragem?"
## [29] "Observações"
## [30] "...30"
## [31] "...31"
## [32] "...32"
## [33] "...33"
dados <- dados %>%
rename(cnuc = "CDUC",
nome_UC = "Local - Nome da Unidade de Conservação",
estacao_amostral = "Número da Estação Amostral",
nome_ea = "Nome da EA",
esforco = "Esforço de amostragem tamanho da trilha (m)",
data = "data da amostragem",
hora_inicio = "horário de início (h:mm)",
hora_fim = "horário de término (h:mm)",
#ano = "Ano",
classe = "Classe",
ordem = "Ordem",
familia = "Família",
genero = "Gênero",
binomial = "Espécies validadas para análise do ICMBio",
n_animais = "n° de animais",
distancia = "distância (m) do animal em relação a trilha") %>%
mutate(data = as.Date(data, "%d/%m/%Y"),
ano = year(data),
distancia = as.numeric(str_replace(distancia, ",", ".")),
populacao = paste(binomial, cnuc, sep ="_"),
populacao = str_replace(populacao, " ", "_") ) %>%
select(cnuc, nome_UC, estacao_amostral, nome_ea, esforco, ano, data,
hora_inicio, hora_fim, classe, ordem, familia, genero, binomial,
n_animais, distancia, populacao)
## Warning in mask$eval_all_mutate(quo): NAs introduzidos por coerção
dados
saveRDS(dados, here("data", "dadosICMBio_2014a2019.rds"))
dados <- read_csv(here("data", "Dados_Florestal_14a18_disponibilizacao.csv"))
## New names:
## * `` -> `...31`
## * `` -> `...32`
## * `` -> `...33`
## * `` -> `...34`
## Warning: One or more parsing issues, see `problems()` for details
## Rows: 15554 Columns: 34
## -- Column specification --------------------------------------------------------
## Delimiter: ","
## chr (23): Cadastro Nacional de Unidades de Conservação (CNUC), Bioma, Categ...
## dbl (6): Número da Estação Amostral, Esforço de amostragem (metros percorr...
## lgl (2): ...31, ...32
## time (3): Horário de início (hh:mm), Horário de término (hh:mm), Horário d...
##
## i Use `spec()` to retrieve the full column specification for this data.
## i Specify the column types or set `show_col_types = FALSE` to quiet this message.
dados <- dados %>%
rename(
cnuc = "Cadastro Nacional de Unidades de Conservação (CNUC)",
nome_UC = "Unidade de Conservação (UC)",
estacao_amostral = "Número da Estação Amostral",
nome_ea = "Nome da Estação Amostral",
esforco = "Esforço de amostragem (metros percorridos por dia)",
data = "data da amostragem (dd/mm/aaaa)",
hora_inicio = "Horário de início (hh:mm)",
hora_fim = "Horário de término (hh:mm)",
ano = "Ano",
classe = "Classe",
ordem = "Ordem",
familia = "Família",
genero = "Gênero",
binomial = "Espécies validadas pelo ICMBio",
n_animais = "N° de animais",
distancia = "Distância perpendicular (m) do animal em relação a trilha"
) %>%
mutate(
data = as.Date(data, "%d/%m/%Y"),
distancia = as.numeric(str_replace(distancia, ",", ".")),
populacao = paste(binomial, cnuc, sep ="_"),
populacao = str_replace(populacao, " ", "_")
) %>%
select(
cnuc,
nome_UC,
estacao_amostral,
nome_ea,
esforco,
ano,
data,
hora_inicio,
hora_fim,
classe,
ordem,
familia,
genero,
binomial,
n_animais,
distancia,
populacao
)
## Warning in mask$eval_all_mutate(quo): NAs introduzidos por coerção
#dados
saveRDS(dados, here("data", "dadosICMBio_2014a2018.rds"))